肾囊肿手术后一般不会有后遗症的，肾囊肿如果直径大于5厘米，有肾脏压迫的症状或伴有肾功能减退的患者是需要做手术的。手术包括肾穿刺抽液并硬化治疗术、肾囊肿去顶减压术，一般来说这两个手术都属于微创手术，他是比较成熟的，不会遗留后遗症。当然在术后早期的患者容易并发泌尿系统的感染，所以就要助患者多饮水，保持尿量在2000毫升以上。