经皮肾镜和输尿管软镜是没有办法进行比较的，都适用于肾结石的治疗。经皮肾镜碎石术主要是通过腰部穿刺以后进入肾脏，找到患有结石的部位后，打碎结石后还可以吸出碎石，但是创伤比较大。输尿管软镜碎石术主要是通过尿路的腔道进入肾脏，优点是创伤小而且恢复比较快，但是碎石的效率低，而且碎石需要自行排除。