主要用于骨骼肌和心脏病的诊断，如进行性肌营养不良或严重肌肉创伤、心肌梗死等。心肌梗死、病毒性心肌炎等心肌损伤性疾病可见到肌酸激酶升高。肌酸激酶同工酶也常用于心脏病的诊断。例如心肌梗死的诊断比心电图更可靠，因为心肌缺血导致心肌损伤后，肌酸激酶同工酶会释放到血液中进行检测。肌酸激酶同工酶在心肌梗死后6小时内会升高，且具有很强的特异性。