男性的尿道里面隐隐作痛，可能是尿道里面长了肿瘤，也可能是尿道里面感染病原菌引起发炎的症状，还有可能与尿道结石有关。小便的颜色发黄，并且伴有尿道疼痛的症状，一般都考虑是因为上述各种疾病，导致尿液中有出血的现象。需要到医院化验尿常规，并且做泌尿系统超声检查，确定所患的具体疾病。