衣原体感染性肠炎在临床上并不常见，相比较其他细菌性肠炎，胃肠症状为主，全身症状不明显，治疗难度要大和治疗疗程要长，在治疗不彻底的情况下容易复发。需要选用衣原体敏感抗生素足量足疗程治疗，用药时间大约需要三周左右，同时注意休息好，避免辛辣刺激食物，定期复查。