新生儿输尿管扩张是不会自愈的。因为患有这种疾病可能是先天性输尿管末端发育狭窄造成的疾病，因为是先天的发育不良问题，所以是不可能自愈的。如果出现输尿管扩张的症状，建议患者及时去正规医院进行检查和治疗。若是已经出现输尿管堵塞症状，可以通过进行手术来缓解病情的发展。