一般不是特别痛苦。因为在进行输尿管囊肿手术的时候，会注射麻醉药物，因此在手术的过程中并不会感觉到痛苦，但是在手术后，有可能会导致伤口的部位出现疼痛感。在做完输尿管当中手术后，需要做好伤口部位的清洁护理工作，另外在术后也可适当喝些温热的白开水，通常有助于促进排尿，在饮食上也要避免吃一些刺激性食物，以免影响伤口愈合。