膀胱镜检查是通过尿道将膀胱镜置入膀胱，在进入膀胱的过程中可能会引起尿道和膀胱的损伤，这样就会导致患者的疼痛，严重的可引起粘膜损伤出血。病人的疼痛症状持续时间，与检查时对尿道的刺激程度有关，另外也跟患者对疼痛的耐受程度有关。大部分患者的疼痛感一般为三天内消失，严重的可持续到一周左右，但症状缓解后一般不会有什么后遗症。