男性衣原体检查主要采取的是尿道分泌物化验检查。一般情况下，患者可以到公立医院的皮肤性病科或者是男性生殖科就诊，医生把棉签插入患者的尿道口之内，提取尿道分泌物，然后送到化验室进行衣原体检查。男性感染衣原体主要引起的是尿道炎和前列腺炎等疾病，要及时进行检查和治疗。