虽然两者都有杀菌的作用，但碘伏是消毒剂，刺激性相对较小，安全性也相对较高，在涂抹时伤口几乎没有疼痛感，并且会在表面形成保护膜，能够杀死细菌保护伤口。高锰酸钾虽然是消毒剂但也是强氧化剂，高浓度的高锰酸钾对皮肤有较强的腐蚀性和刺激性。低浓度的高锰酸钾在浸泡时所需时间长，消毒的效果较差。