肛周脓肿的复发频率通常较快，主要是因为没有将内瘘口处理好而引起的。肛周脓肿的患者，如果只是对外口进行简单的处理，而没有解决内口，就会导致粪液流出，或是发生感染。因此建议患者进行手术治疗，并且在手术的过程中要将内瘘口找到，进行全面的治疗，对于多个内瘘口的现象，属于复杂性的肛周脓肿，大多要通过几次的手术才能够根治。