做无痛肠镜不适宜人群有严重高血压、心功能衰竭、中度贫血等麻醉风险较高的患者，这些病症的患者可能在麻醉过程中出现呼吸抑制和心跳骤停的并发症。肛肠疾病的患者如肛裂、肛门狭窄以及肠梗塞等，也是不适合做肠镜检查。胃肠道穿孔、弥漫性腹膜炎和溃疡性结肠炎的患者做肠镜检查容易出现结肠穿孔，所以需要选择其他检查方式。