巨结肠大多数是先天性的，与胚胎时期的肠壁神经丛中的神经节细胞发育异常有关系，而具体导致的病因，到目前为止并不明确，可能与在怀孕期间受到一些病毒的感染或者遗传因素，以及肠道局部的血液循环障碍、代谢障碍有关系。也有一些出生的时候正常，幼儿期间出现发病，称为特发性巨结肠，这些大多数是跟精神心理因素有关系。