磁共振检查肛瘘通常不难受。肛瘘在进行磁共振检查时，一般不需要在肛门部位插入异物进行检查，在检查的过程中患者需要趴在病床上，然后病变部位的情况会呈现在影像上，能够对肛瘘的瘘管分布状况进行明确的判断。确诊病情之后，需要及时进行药物或者是手术的治疗。