患有肛窦炎时患者可以在医生指导下服用硝基咪唑类抗生素药物治疗。患者还可以通过药物坐浴的方式进行辅助治疗。坐浴可以促进肛周血液循环，有一定的消炎抗肿的效果。并且患者还需要在患处涂抹抗生素软膏。可以起到杀菌消炎的效果，能有效的缓解由肛窦炎带来的疼痛症状。症状严重时可以进行静脉注射抗生素治疗。