一般在第2天左右的时候会比较疼痛。肛瘘手术属于有创手术，在手术过程中会实行麻醉，这样能够减轻手术过程中疼痛感，在麻醉药物过后有一些患者会出现疼痛感，并且还会伴有局部伤口肿胀和牵拉式的疼痛。对于轻微疼痛的患者，可以通过口服镇痛的药物来进行治疗，如果疼痛比较严重的可以通过肌肉注射镇痛针来缓解。