月经期间最好不要做肠镜检查，由于女性在月经期间免疫功能比较差，这个时候做肠镜检查很有可能会出现感染的问题，由于医疗器械消毒不完善，会在月经期间造成感染，会导致致病菌的感染，会诱发严重的问题，因此大家应该要做好预防致病菌感染的措施，月经期间不宜做检查。