一般不会自愈的。大便真菌孢子可能是由于饮食不当或者是不卫生所造成的，还有可能是真菌感染所引起的。如果出现了不适的症状，需要及时得到正规医院的消化内科进行相关的检查，明确病因可以配合医生服用益生菌的药物进行治疗，通常可以帮助调节肠道菌群。日常生活中要注意个人的饮食卫生，避免再次出现感染的情况。