肛瘘的内口多无自愈的可能性，因为内口多不能单独的存在，患者往往还会有瘘管以及外口存在。若要内口完全愈合，多需要给予手术治疗，保守治疗多无效。手术探查查找内口、外口以及瘘道，行手术治疗切开以及切除瘘道组织，创面多需要敞开，术后则需要按时进行换药、温水坐浴等，直到创面完全愈合。