跑完步腰两侧会疼，可能是由于跑步时导致腰部肌肉纤维拉伤引起的。也可能是由于腰肌劳损导致的，另外也不排除是由于腰间盘突出引起的可能性，除此之外很可能是由于肾虚引起的。患者最好是及时到当地正规医院进行腰部核磁共振检查，必要的可以在医生指导下，通过口服止痛类的药物来进行改善。