怀孕46天孕囊大概在2.2~2.5厘米之间，如果只是孕囊偏小，能看到胎心和胎芽，一般说明胚胎生长发育也是正常的。孕囊的大小与生理周期是有很大的关系的，如果月经周期的时间比较长，按照末次月经第1天推算怀孕的时间，可能孕囊偏小一些，不过也不用太担心。平时需要按照医生的建议，做好定期的彩超检查。