儿童滤泡性结膜炎的治疗一般需要先明确引起儿童滤泡性结膜炎的具体病因是什么，然后才能有针对性的治疗。儿童滤泡性结膜炎的常见致病原因有细菌感染、病毒感染或某些药物如使用阿托品导致的，不同的致病因素，其治疗方案及用药也会有所不同，如细菌性感染引起的需要使用抗生素药物，病毒性感染引起的需要使用抗病毒药物等。