双歧杆菌活菌胶囊有可能会引起腹部胀气和大便次数增多的副作用。药物可以起到增加肠道免疫力和调节肠道菌群的作用，药过量或是用药不当，可能会使患者出现腹部胀气和胀满的不良反应，大多数症状较轻时，并不影响到药物治疗，不用过分担心。平时要避免吃生冷寒凉性食物，防止药性发挥受到影响。