保济丸与藿香正气丸主要区别是里面的成分是不一样的，另外功效也不同。保济丸属于一种中成药物，主要的作用是促进食物消化和吸收，加快胃肠道蠕动，能够有效改善积食不化引起的食欲下降现象。藿香正气水的主要作用是解表化湿，能够改善中暑引起的头晕、头痛以及四肢疲乏无力等不良症状。