益生菌停三天之后就可以注射疫苗。益生菌属于一种调理肠道菌群的药物，通常在三天之后身体当中的药物会被完全的代谢，不会影响疫苗注射的。疫苗可以在体内产生一种抗体，有利于预防各种病毒性感染性的疾病，在注射之后要密切关注孩子是否出现了不良反应，同时还需要在所注射的单位观察半个小时。