决明子菊花茶的副作用有可能会出现肠胃道消化不良，比如腹痛或腹泻等症状。因为菊花茶属于寒凉性，而且决明子也是属于性寒凉的食品，但是两者如果同时服用有很多好处，但也有很多坏处，若患者出现肝热或者是胃热等症状，此时是可以继续饮用的，但是在平时不可以大量喝，否则会出现一些不适的症状。