甲硝唑、替硝唑以及奥硝唑这三种药物的主要区别在于甲硝唑往往是用来防治厌氧菌所以引起的相关疾病，如腹腔感染或者生殖器感染等等。奥硝唑则往往被用来治疗因敏感厌氧菌所引起的相关疾病，包括口腔感染以及外科感染等等。而替硝唑在治疗时往往与其他的药物配合使用，可以用来治疗呼吸道感染或者盆腔感染等因厌氧菌感染所引发的疾病。