打干扰素的副作用可能会引起发烧，头痛，身体乏力以及关节和肌肉疼痛，等症状，通常发生在第一次注射后。随着次数增加，不良反应通常会逐渐减少并消失。还可能会引起骨髓抑制症状，出现白细胞以及血小板降低，诱发血糖不稳，并导致神经系统症状，如失眠、嗜睡以及疲惫无力等。