明目地黄丸和杞菊地黄丸的区别在于成分、功效、禁忌。明目地黄丸是由熟地黄、牡丹皮、山药、茯苓等成分组成，主要有滋肾养肝、明目的功效，用于治疗眼睛疾病，并且有较好的治疗效果，爆发火眼者不可以使用。杞菊地黄丸由枸杞子、菊花、熟地黄、山药等成分组成，具有滋肾养肝的功效，用于治疗肝肾阴亏、迎风流泪、视物昏花等症状，感冒发烧和过敏体质者不可以使用。