吃奥美拉唑比较常见的不良反应是轻度的恶心呕吐以及腹泻，有一部分的患者可能会导致谷草转氨酶上升，但是在药物停止之后就会逐渐的好转。另外有一部分人可能会出现嗜睡，头痛，头晕以及失眠的症状。还有一些患者在服用奥美拉唑之后，容易会有过敏的反应，肌肤上会出现荨麻疹以及皮疹。