复方斑蝥胶囊的副作用目前还不明确，它的毒性较小，至今的临床研究发现，可能会引起便秘，以及消化道症状，一般不影响正常治疗，但有时也会损伤肾小管内皮细胞，最好不要长期服用，长期服用会损伤肾脏，肝脏，而且其会刺激胃部，所以建议最好在饭后半小时服用，如果用药时感觉副作用明显，立即停药并咨询医师。