杞菊地黄丸和六味地黄丸的区别是药物的成分，前者的药物成分中有枸杞子和菊花，有滋肾养肝的功效，主要是用来治疗肝肾阴亏以及眩晕耳鸣，对肾虚导致的迎风流泪以及视力模糊有治疗的作用，更偏向于清肝明目。六味地黄丸有滋阴补肾的效果，主要是治疗肾虚造成的肝火旺以及眼屎多等病证。