牛黄解毒丸和牛黄上清丸的功效不同，所治疗的病症也不同。牛黄上清丸主要功效有清热去火、祛风止痛，用于治疗咽喉肿痛、头疼眩晕、大便干结和口舌生疮等；牛黄解毒丸具有清热解毒的功效，用于上火引起的牙龈肿痛、咽喉肿痛，该药物是由人工牛黄、雄黄、冰片、甘草等成分组成，孕妇禁使用该药物。