服用黄连上清丸会对肠胃有一定的危害。可能会引起腹泻腹痛等症状，如果服用过多的话，就有可能会引起大便稀薄，或者是造成胃口不好的情况。患者在服用黄连上清丸的时候，一定要注意，用法用量避免服用过多导致副作用的发生。如果患者不清楚用法用量的话，是需要咨询医生的。