牛黄清火丸与牛黄上清丸的区别是作用不同。牛黄上清丸能够清上焦火，主要的作用是去火能够用来缓解上火，所导致的口舌生疮，或者是目赤肿痛等，而牛黄清火丸主要的作用是清心。药物进入到人体之后，可以使患者神志不清或者是大脑神智异常等症状得到改善，也能够用来缓解热毒内盛所引起的目赤耳鸣或者是牙龈肿痛等。