长期服用恩替卡韦后遗症会出现腓肠肌疼痛、横纹肌的溶解、脱发、长期使用该药物中间突然停药，可能会导致病毒反弹，出现肝衰竭的可能，此药物用于治疗慢性成人性乙肝、病毒复制活跃、肝脏组织学显示有活动性病变等，孕妇和哺乳期妇女以及过敏体质者不可以使用该药物，使用该药物忌食辛辣和刺激性的食物。