醋柴胡与柴胡的主要区别在于柴胡没有经过特殊处理，而醋柴胡是经过醋灸处理后形成的一种药物。其次，这两种药物的区别主要还体现在功效与作用之上，比如醋柴胡可以发挥出退热以及疏肝解郁的功效，而柴胡有一定的保肝作用，常常被用来治疗慢性肝脏疾病。因此在选择这两种药物时，尽量还是听从医生的建议，万万不能混淆乱用。