软骨素和氨基葡萄糖的区别是成分不同，副作用不同。软骨素是硫酸葡萄糖，而氨基葡萄糖属于是当中包括软骨素，还有盐酸氨基葡萄糖，两种药物的功效是一样的，能够修复关节以及软骨，同时还可以润滑关节。由于氨基葡萄糖对胃部有一定的刺激性，所以需要在饭后服用，而软骨素对胃部几乎没有刺激。