复合乳酸菌胶囊的危害是个别患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应。过敏体质者不可以使用该药物进行治疗，孕妇和哺乳期妇女以及儿童应在医生指导下使用该药物。该药物对于肠道菌群失调引起的肠功能紊乱以及急、慢性腹泻等有较好的治疗效果，该药物属于活菌制剂不可以放在高温处。使用该药物忌吃辛辣和刺激性的食物，饮食应以清淡为主。