连花清瘟胶囊一般在临床上并没有明显的不良反应，但是如果在空腹的状态下可能会有一些肠道刺激的症状。有个别的患者会出现消化不良，恶心呕吐，以及腹部疼痛等症状。还有少部分的患者会有肌肤瘙痒，肌肤皮疹，以及明显肌肤发红等现象。在服用药物时，如果发现有过敏症状，建议马上停止服用。