复方玄驹胶囊有一定的副作用。复方玄驹胶囊对于身体乏力、腰膝酸软、男性阳痿、早泄、肾虚等性功能障碍有很好的治疗效果。但长期服用后可能会引发恶心、呕吐等胃肠道反应，部分患者还会引起上火、流鼻血等现象。同时肝火旺盛以及有过敏体质的人群慎用，最好是到医生的指导下按剂量服用。