主要区别是药物成分不一样，并且功效也是不同的。八味肾气丸的主要成分是熟地黄、茯苓、山萸肉和肉桂等，逍遥丸的主要成分是柴胡、当归、白芍、炒白术。八味肾气丸具有温补肾阳功效，可以用于治疗肾阳不足引起的腰膝酸软症状，逍遥丸具有养血调经功效，可以缓解干预脾虚引起的月经不调。