奥硝唑和甲硝唑的区别一般是治疗的疾病有一定的差别。奥硝唑和甲硝唑都属于抗菌消炎的药物，但是奥硝唑主要用于治疗幽门螺旋杆菌以及牙类杆菌等，而甲硝唑一般用于治疗肠道感染，通常对口腔和牙周疾病的感染也有很好的效果。哪个治疗的效果好，无法进行判断，因为患者的病情不同使用的药物也会有所不同。