黄连素片的副作用比较少见，个别的患者可能会发生呕吐，恶心，皮疹和药物热，这种情况一般是短暂的，通常在停用药物之后可以自行消失。黄连素在临床上一直被作为非处方类的药物用于治疗腹泻。口服黄连素后，只停留在肠道里不被吸收，所以偶尔出现的不良反应在停药后消失。