大部分的疫苗对于甲状腺功能减退的新生儿不会存在干扰性，一般是遵循医生的建议去注射疫苗。当宝宝出现甲状腺功能降低期间，需要积极对症治疗，如果是长期甲状腺功能减退会让宝宝出现智力等障碍，也会严重影响到以后的正常生活。另外当宝宝抵抗能力较低时，不建议注射疫苗，或者是在感冒发烧时也不能够打疫苗。