美沙拉嗪的副作用比较轻。个别的患者可能在服药后有胃肠道轻微的不适感，或者是出现头昏、头胀、头晕的表现，但是症状一般都比较轻微，而且发生率也比较低。另外，极少的患者，有可能对这种药物发生过敏反应。美沙拉嗪可以减弱克罗恩病患者肠道的炎症性病变，可以用于克罗恩病的治疗。