兰索拉唑主要的副作用有腹泻、便秘、瘙痒、腹胀，也有一部分患者容易会有发热、头痛、头晕，以及失眠、嗜睡。除此之外也有一部分人可能会有严重的副作用，比如呼吸困难、过敏性反应以及血液系统异常。甚至还可能会出现间质性肺炎，会有呼吸困难的表现。在服用药物期间也同样会造成低镁血症。