黄连上清丸可能会出现过敏反应的副作用，也可能会出现胃肠道反应，比如恶心呕吐、腹泻等，长期服用可能会导致脾肾阳虚。如果在使用药物治疗期间出现的副作用要立即停止使用，一般在停药后这些副作用就会逐渐的消失。他具有清热解毒的功效，可以用来治疗头痛、口舌生疮等疾病。