黄连素不可以长期服用。黄连素做为止泻止吐、清热燥湿的中成药，长期服用会使身体产生耐药性，之后再服用就会减少药效，达不到治愈的效果，同时还会加剧腹痛、腹泻，有的患者在服用后还会出现便秘的情况，对身体造成一定的损害。因此服用黄连素时要在医生的指导下按剂量服用，不能私自使用，疾病改善后要酌情减药或停药，以免出现不良反应。