黄连素的副作用是可能会使胃酸分泌的过多，从而发生胃酸的现象，还有的患者出现便秘，恶心，呕吐，发热以及皮疹的情况，甚至有可能导致横纹肌溶解症以及乳酸中毒的症状。常常服用黄连素，有可能会导致b族维生素的吸收障碍，从而出现周围神经炎的发生，也有可能会引起溶血性的贫血而导致黄疸。